Japon yaratılışının erkek atası olan tanrıdır. Adı "davet eden, çağıran" anlamına gelir. Kız kardeşi ve eşi İzanami ile birlikte, tanrılar çağının son ve en önemli çiftini oluşturur; Japon adalarını ve pek çok tanrıyı dünyaya getirirler.
Adaların Yaratılışı
Göğün yaşlı tanrıları, henüz suların üstünde yağ gibi dağınık duran toprağı biçimlendirsinler diye İzanagi ile İzanami'ye gökten bir mızrak (Ame-no-nuboko) verir. Çift, göğü yere bağlayan yüzen köprüde durup mızrağı denize daldırır ve karıştırır; mızrağın ucundan damlayan tuzlu sudan, kendiliğinden oluşan Onogoro adası meydana gelir.
Bu adaya inip bir direk ve saray kurarlar. Evlenmek için direğin çevresinde dönerler; ilk seferinde İzanami önce konuştuğu için birleşmeleri sakat çocuklar doğurur (sülük çocuk Hiruko dahil) ve bunlar terk edilir. Töreni İzanagi önce konuşacak biçimde yineleyince bu kez Japon adalarını ve tanrıları düzgünce dünyaya getirirler.
İzanami'nin Ölümü ve Yomi
İzanami, ateş tanrısı Kagutsuçi'yi doğururken yanarak ölür ve ölüler ülkesi Yomi'ye iner. Yasa boğulan İzanagi, ateş tanrısını kılıcıyla öldürür; akan kandan ve bedeninden yeni tanrılar doğar.
İzanagi, eşini geri getirmek için Yomi'ye iner. İzanami ölüler diyarının yemeğini yediği için kolayca dönemeyeceğini söyler ve kendisine bakmamasını ister. Ama İzanagi tarağının bir dişini yakıp ona bakar; İzanami'nin çürümüş, kurtlarla kaplı bedenini görünce dehşete kapılıp kaçar. Öfkelenen İzanami, ardına Yomi'nin cadılarını salar; İzanagi güçlükle kaçıp Yomi'nin geçidini kocaman bir kayayla kapatır. O kayanın iki yanında ayrılırlar: İzanami her gün bin can alacağına, İzanagi ise her gün bin beş yüz can doğuracağına yemin eder. Böylece ölüm ve doğum dünyaya girer.
Arınma ve Üç Çocuk
Yomi'nin kirinden temizlenmek için bir ırmakta yıkanan (arınan) İzanagi'nin bedeninden art arda tanrılar doğar. En sonunda, en değerli üç çocuğu belirir: sol gözünü yıkarken güneş tanrıçası Amaterasu, sağ gözünden ay tanrısı Tsukuyomi, burnundan ise fırtına tanrısı Susanoo. İzanagi sevinir ve dünyayı bu üçü arasında paylaştırır: Amaterasu'ya göğü, Tsukuyomi'ye geceyi, Susanoo'ya denizleri verir. Bunun ardından kendisi geri çekilir.